SETELAH INDONESIA MERDEKA TGL 17 AGUSTUS 1945

Dalam kabinet pertama Republik Indonesia, 

KHD diangkat menjadi Menteri Pengajaran Indonesia 

(posnya disebut sebagai Menteri Pendidikan, Pengajaran dan Kebudayaan) yang pertama. 

Pada tahun 1957 ia mendapat gelar doktor kehormatan (doctor honoris causa, Dr.H.C.) 

dari universitas tertua Indonesia, Universitas Gadjah Mada. 

Atas jasa-jasanya dalam merintis pendidikan umum, 

ia dinyatakan sebagai Bapak Pendidikan Nasional Indonesia 

dan hari kelahirannya dijadikan Hari Pendidikan Nasional 

(Surat Keputusan Presiden RI no. 305 tahun 1959, tanggal 28 November 1959).

Ia meninggal dunia di Yogyakarta tanggal 26 April 1959 

dan dimakamkan di Taman Wijaya Brata.